自由生活アメーバといわれる自然界の水中に生息するアメーバが、稀に重篤な脳炎を引き起こすことが報告されています。
国内では、Naegleria fowleriによる原発性アメーバ性髄膜脳炎と、Acanthamoeba属（主に角膜炎を起こすアメーバ）およびBalamuthia mandrillris による肉芽腫性アメーバ性脳炎の計6例がこれま でに報告されています。
なかでもNaegleria fowleriによる感染は、湖や沼での水泳や天然温泉入浴で経鼻感染し、急性の経過をとり１週間前後で死に至るとされています。近年では佐賀県鳥栖市での報告がありますが、感染経路は不明です。
治療薬には、アムホテリシンB、アジスロマイシン、リファンピシンが推奨されています。
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